洁净空调系统分为三大系统：有机械系统、风系统、空调水系统
洁净空调的机械系统：洁净空调设备的运行是一个机械式磨合的过程，势必存在损耗，机械部件之间的损耗就会在润滑油沉积下来磨损的杂质。长期的磨损和拉伸就会使润滑油润滑性下降，甚至导致压缩机的烧毁。运行超过三年的设备，必须定期进行维护保养，有利于延长设备的寿命和运行。
洁净空调的风冷散热系统运行一段时间后也会积尘，积尘后直接导致风量的减小，降低了室内空气与新风的交换，降低了室内空气的品质，而且散热不良，导致高压过高，压缩机过载运行。
洁净室内密封控制重点
洁净室内密封控制重点内容是围护结构密封施工质量，如板材与板材之间应均匀涂密封胶，达到严密不漏风。洁净室内嵌壁器械柜与墙体之间、壁板上安装的插座、开关、烟感探测器、照明箱体及灯带、观片灯等都需要用密封胶进行密封，且器械柜中的各种管道和箱体之间也都必须采用可靠和有效的密封措施。
送回风管道质量控制
送回风系统管道的密封，是为防止不洁净的空气进入风管，阻止了风管内受污染的空气渗透出去，从而可满足洁净室内的洁净度和延长过滤器使用时间。
项目地址位于中国南方地区，该方案从设计角度上来说没有问题，实际经过调试以后，使用下来也没有出现太大的问题。但是在一些细节上，需要考虑：
（1）混风段串风问题，当机组送风机停掉以后，在室内外温差的作用下，新风会以小气流流经回风管至室内洁净区。
（2） 冷却盘管设置在负压段在国内很常见，但是会造成凝水盘常态带水，易导致凝水盘滋生有害物质。
（3）冷却盘管后面配有挡水板，会造成挡水板常态带水，易导致挡水板滋生有害物质。
（4）电机置于冷却盘管后面，冷凝水易被吸引至电机本体上，易导致电机接线端子受潮短路。
（5）加湿器置于过滤器之前，易使过滤器受潮而导致发霉。
（6）夏季为了去除新风中的水分，连带回风一起处理至室内露温度以下，由于制药厂大部分房间的发热量并不高，露温度送风必然会导致房间温度过低。为了控制温度，在夏季需要热盘管加热送风至合适的温度，从而维持室内温度在设计条件下。这样就造成了冷热抵消，增大了能耗。
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